《水浒后传》以《水浒传》的结局为开篇，先容了幸存的梁山好汉远赴重洋、开基立业的故事。在该书中，首先出场便是活阎罗阮小七。书中先容，梁山凯旋之后，阮小七来到偏远荒蛮之地任地方官。可是，他本就是位乡野粗人，在梁山期间统领水军也只能算得上委曲合格，对地方治理一无所知。因此，到任两个多月时间里，阮小七整日被繁重的政务和乡民琐事搅得头昏脑胀，只得靠饮酒来缓解压力。他对这样的生活倍感无趣，终日烦闷不堪。不久之后，一件往事又让他丢掉了官职。

　　原来，在阮小七率部攻破帮源洞时，看到了方腊的皇冠、龙袍，一时兴起，穿着起来，走起路来摇摇摆摆，引得众人一阵哄笑。阮小七本来只是想娱乐一番，并无它意。然而，这一幕恰好被蔡京的爪牙王禀、赵谭看见，回朝之后便将此事报告给蔡京。蔡京在朝堂上诬陷阮小七，天子将阮小七罢黜为民。固然阮小七受到了不公正的待遇，但对他个人而言，返回石碣村逍远安闲生活，远比当官要舒服得多。

　　此后，阮小七在故乡重操旧业。除了孝敬老母之外，跟合得来的渔民兄弟在一起，饮酒寻欢，小日子过得十分舒心。然而，这舒服的生活却由于一个故人被再度打破。得知宋江、卢俊义等头领的遭遇后，阮小七心情非常沉重，带着香烛祭品前往梁山祭奠。故地重游，看到茅草丛生、屋舍破败的大寨，阮小七回想起当初众兄弟聚义时的热闹场景，睹物思人、心生悲凉。祭奠完毕后，阮小七跟几个伴当饮酒解闷，向他们讲述梁山大寨昔日的辉煌。

　　恰在此时，阮小七碰到了来梁山巡察的济州府张知府。这位张知府跟阮小七之间曾经有过一次接触。张知府早年在蔡京府中任干办，因其伶牙俐齿深得信任和重用。此后，张干办前往梁山传达圣谕、降旨招抚，阮小七偷换了天子亲赐的御酒，在山寨中闹起了不小的风波，使张干办等人丢失颜面。数年后，张干办仗着蔡京的宠信，在济州府历任通判、知府等职，在地方上欺压同寅、贪虐百姓、无恶不作。此次巡察梁山，没想到巧遇故人。

　　张知府一眼就认出了当年领头捣乱的阮小七，不禁怒火满胸，立即大喊：“你这伙是什么歹人，又在这里啸聚！左右与我拿下！”阮小七闻听此话，怒火升腾，立即站起来辩驳。随着双方语言冲突的升级，暴脾气的阮小七竟然挥舞拳头，打死了张知府与若干衙役，再度带着老娘逃亡他乡。在逃亡途中，阮小七巧遇了扈三娘的兄长扈成。在二人的交谈中，阮小七不经意解开了当年围绕一丈青扈三娘的一个谜团。

　　三打祝家庄期间，林冲生擒扈三娘后，宋江将其送回山寨，这在众头领中间引起了不小的风波。当时很多人都以为，宋江看中了扈三娘的美色，想将其纳为压寨夫人。不过，宋江终极却出人意料地将扈三娘许配给了矮脚虎王英。当时有不少人以为，正是由于李逵当众指责宋江，使得宋江下不了台，才不得不放弃了娶扈三娘的打算，转而将其嫁给了王英。

　　不过，扈成问及此事时，阮小七却给出了完全不同的答案，洗清了宋江的不白之冤。阮小七告诉扈成，当宋江命人将扈三娘押回梁山交给宋太公看管时，就已经决定在战事结束后将其许配给矮脚虎王英，根本没有将扈三娘纳为己有的打算。

　　随后，阮小七与扈成又偶遇了母大虫顾大嫂和小尉迟孙新，并从他们口中得知了独角龙邹润在登云山占山为王的事情。阮小七与众人杀死了在登州为祸一方的孔目毛豸一家后，便留在了登云山，再度成了落草为寇的绿林好汉。随着登云山势力的不中断壮大，吸引了不少江湖豪杰进伙，登云山成了像梁山一样除暴安良的群英荟萃之地。登云山的崛起也引起了朝廷的重视，期间曾派兵进行过多次围剿，但都被阮小七等人击溃。

　　此后，饮马川的扑天雕李应、进云龙公孙胜等人也纷纷来到登云山。众英雄相聚后，一起远赴重洋，协助混江龙李俊在暹罗开基立业，阮小七成了水兵都总管。