在前几年的时候，听老师说过，如果主题一样尽量用目录，不要做二级域名，可我现在看搜外的除了bbs之外，其他板块都用了二级域名。

如果不考虑别的因素，单独考虑权重集中，搜外是用目录好还是二级域名好？

前期 统一集中权重 为目录。不分二级域名。
后期成熟后,改二级域名。并不会分散主站的权重,同时会有二级域名的权重提升。
这个不用纠结了。问题并不太大。但如果分二级域名对于一个不断扩大的站点来好。
总之 有价值的内容是长久不衰的根本。

有些只有一点点内容的也用二级域名 这样合适吗

@赵凯 说的没错。初期为了权重，尽量放在主域名下方，后期主域名权重高了，多一些二级域名，这样二级域名的权重和排名会很快上去。