一个网站有二个域名怎么让百度不收录其中一个域名 ，

可以用这两个办法中的某一个就行：
1、次要的域名B转发给主域名A；
2、域名A和B共同解析到IP，但网站首页和主导航等主要位置，采用主域名A的绝对地址；

不知道你这样要求的目的是什么？提供你几个参考的方法：
一、用用301定向的方法，这种方法是目前采用最普遍的方法也是提高权重最好的方法，假如你有域名A B 你想让百度不收录A就在A 跳转到B这样可以提高B 权重。
二、方法你才要跳转的方法，对第一个域名A 单独建立一个站点，默认首页是跳转代码，或者JS跳转都可以，这个你百度下很多类似的代码，同时在网站根目录写入Robots.txt 禁止百度收录的文件。
三、可以做域名URL跳转，或者域名隐藏转发。
本人建议你采用第一种方法。仅供参考!