通过site:查询一个老域名，百度没有收录，这样的老域名用来做网站优化是否会比用新域名更有优势呢？

个人觉得有一定的优势。

好熟悉的问题，你使用下搜外的搜索功能，之前已经有人问过这个问题了

“姜还是老的辣"
老米天然权重是赋予的,这点百度lee自己也承认过,但是已经在削弱,具体情况还不得而知.

具体的老域名优势其实主要参考其链接数据、建站历史、是否被惩罚等方面。
关于历史链接查询工具可详见：http://ask.seowhy.com/question/10865

至于Site:查询收录方面，最好是通过各大搜索引擎的查询来进行比对，如果SEO关键词与历史站点某些内容相近的话，效果也是会相得益彰的。