网站首页是由各个子栏目、频道组成的，并且使用大量JS，代码写得也比较乱。这样的首页有必要要存在吗？如果一定要存在，请问要怎样修改？

网站大致类似下列两图

网站首页

第一，对重要的JS进行封装和外部调用。
第二，对重要的内容要一定保证搜索引擎抓取到，不要使用JS屏蔽，毕竟搜索引擎目前没有公开说可以抓取JS。而且通过查看抓取诊断里面的代码，也发现JS里面的内容无法显示在首页。
第三，使用JS的同时尽量保证只是效果，而不影响网站具体内容代码的展现。

可以将JS进行封装
在网页头部写上:

在外部建立一个的文件，注意路径一定要对上。
比如：
<title>网站标题</title>
<meta name="Keywords" content="关键词" >
<meta name="Description" content="描述" >
<script src="/js/" type="text/javascript"></script>

在文件中写上：
function MM_findObj(n, d) { //var p,i,x; if(!d) d=document; if((p=("?"))>0&&) {
d=[(p+1)].document; n=(0,p);}
if(!(x=d[n])&&) x=[n]; for (i=0;!x&&i<) x=[n];
for(i=0;!x&&) x=MM_findObj(n,);
if(!x && ) x=(n); return x;
}

function MM_preloadImages() { //var d=document; if(){ if(!) ();
var i,j=,a=MM_(i=0; i<)
if (("#")!=0){ [j]=new Image; [j++].src=a;}}
}

function MM_swapImgRestore() { //var i,x,a=(i=0;a&&i<(x=a)&&) }

function MM_swapImage() { //var i,j=0,x,a=MM_(i=0;i<();i+=3)
if ((x=MM_findObj(a))!=null){[j++]=x; if(!) [i+2];}
}


JS封装即可

JS外部调用，重要信息提前
跟图片相比js还是比较小的

存在的必要与否，这个只能你们自己来评定。
至于JS方面，可以找个稍微懂前端的人，来帮你们优化下代码。把js都搞到一个外部文件里去调用即可。
或者一些可要可不要的特效，直接去掉。也或者，可以用更简单的办法来实现原来需要js才能实现的东西。