可以的话，那关键词岂不是对应多个URL了吗
比如 “SEO”这个关键词 是对应主站或者是某导航分类等等 ，而新闻文章页中的关键词SEO则是链接到搜索页面并出现关于SEO的文章
蜘蛛怎么去判断SEO这个关键词是对应哪个链接呢？

只要内容相关的就可以吧

我感觉你的这种做法，是使用Tag标签的形式，将标签作为关键词形成聚合页面，这样做不如在各个内页中做锚文本好，聚合页的内容没有内页链接对用户帮助多，也就是说使用内页进行锚文本链接用户体验会更好。有助于关键词的提升与排名。

不明白这样做的目的何在，从SEO来看这样容易形成站内权重的竞争，可能导致排名不稳定。
站内锚文本也就是站内推荐了，是给某一个链接做推荐指引，作用是便于用户理解以及提高权重一种方式。如果你的关键词全部指向搜素页，我觉得是不正常的。搜素结果并不是一个好的聚合页面。