网站中不同栏目下的文章设置同一个tag会影响优化吗？搜索引擎会不会认为站内分类混乱呢？

我不知道这个混乱是什么情况，是关心分类页的排名还是标签页的排名。但对于搜索引擎来说，不管你是首页、分类页还是内容页都是一个页面，只不过是通过链接结构判断网页之间的关系，再决定给你这个页面多少权重。

例如一个这样的url：http://域名/减肥/，从URL（物理结构）上判断，这个页面是属于减肥这个目录的。

如果url是这样的：http://域名/，判断这个页面的分类就会从网站的链接结构（逻辑结构）来判断，首页 - 减肥 - 。

标签页也是一个分类，最多也就是这个页面同时属于两个分类的。只要一个页面不要出现多个url的话就不会混乱了。

题外话：在WordPress中如果一个页面同时属于两个分类的话就会出现两个url，http://域名/a/ 和http://域名/b/，这两个url就是同一个页面。

尽量不要设置完全一样的吧，尽可能手工单独提炼出来哪些要点作为Tag标签。

会影响，但具体是提升排名还是降权，完全看TAG页面，跟同指向没关系。
只要你自己不混乱，搜索引擎不会混乱的，无非是权重分的散点而已。