《黄帝内经》接受了我国古代唯物的气一元论的哲学思想，将人看作整个物质世界的一部分，宇宙万物皆是由其原初物质“气”形成的。在“人与天地相参”、“与日月相应”的观念指导下，将人与自然紧密地联系在一起。

人的一切正常的生理活动和病理变化与整个自然界是息息相关的。为了进一步明确这一点，拟从以下几方面加以阐述：

一、“气”是宇宙万物的本原

如同老子所说：“有物混成，先天地生。寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆，可以为天下母”，“道之为物，惟恍惟惚”，“其上不皎，其下不昧”，“视之不见名曰夷，听之不闻名曰希，搏之不得名曰微”，这都是在说构成世界的原初物质——形而上者的“道”。宋钘、尹文将这种原初物质称之为“气”。《黄帝内经》受这些学说的影响，也认为“气”是宇宙万物的本原。在天地未形成之先便有了气，充满太虚而运行不止，然后才生成宇宙万物。如《天元纪大论》：“臣積（稽）考《太始天元册》文曰：“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天。布气真灵，珝统坤元，九星悬朗，七曜周旋。曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章。’”这其实是揭示天体演化及生物发生等自然法则。在宇宙形成之先，就是太虚。太虚之中充满着本元之气，这些气便是天地万物化生的开始。由于气的运动，从此便有了星河、七曜，有了阴阳寒暑，有了万物。阴阳五行的运动，总统着大地的运动变化和万物的发生与发展。

二、人与自然的关系

《黄帝内经》认为人与自然息息相关，是相参相应的。自然界的运动变化无时无刻不对人体发生影响。《素问·宝命全形论》说：“人以天地之气生，四时之法成”。这是说人和宇宙万物一样，是禀受天地之气而生、按照四时的法则而生长的，所以《素问·四气调神大论》说：“夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。逆其根，则伐其本，坏其真矣。”《素问·阴阳应象大论》也说：“天有四时五行，以生长收藏，以生寒暑燥湿风；人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐。”人生天地之间，人必须要依赖天地阴阳二气的运动和滋养才能生存，正如《素问·六节藏象论》所说：“天食人以五气，地食人以五味。五气入鼻，藏于心肺，上使五色修明，音声能彰。五味入口，藏于肠胃，味有所藏，以养五脏气。气和而生，津液相成，神乃自生。”

人体的内环境必须与自然界这个外环境相协调、相一致。这就要求人对自然要有很强的适应性。比如《灵枢·五癃津液别》说：“天暑衣厚则腠理开，故汗出。……天寒则腠理闭，气湿不行，水下留于膀胱，则为溺与气。”

这明显是水液代谢方面对外环境的适应。人的脉象表现为春弦、夏洪、秋毛、冬石，同样是由于人体气血对春夏秋冬不同气候变化所做出的适应性反应，以此达到与外环境的协调统一。如果人们违背了春生夏长秋收冬藏的养生之道，就有可能产生病变。如《素问·四气调神大论》说：“逆春气，则少阳不生，肝气内变；逆夏气，则太阳不长，心气内洞；逆秋气，则太阳不收，肺气焦满；逆冬气，则少阴不藏，肾气独沉。”就是一日之内、日夜之间，人体也会随天阳之气的盛衰而相应变化。如果违反了客观规律，也会受到损害。如《素问·生气通天论》说：“故阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。是故暮而收拒，无扰筋骨，无见雾露，反此三时，形乃困薄。”

人与自然这种相参相应的关系在《黄帝内经》中是随处可见的。无论是生理还是病理，无论是养生预防还是诊断与治疗，都离不开这种理论的指导。

三、人是阴阳对立的统一体

人是阴阳对立的统一体，这在生命开始时已经决定了。《素问·生气通天论》说：“生之本，本于阴阳。”具有生命力的父母之精相媾，也就是阴阳二气相媾，形成了生命体。诚如《灵枢·决气》所说：“两神相搏，合而成形，常先身生，是谓精。”生命体形成之后，阴阳二气存在于其中，互为存在的条件。相互联系、相互资生、相互转化，又相互斗争。如《素问·阴阳应象大论》所说：“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也。”《素问·生气通天论》说：“阴者，藏精而起亟也，阳者，卫外而为固也。”这两句话精辟地解释了人体阴阳的对立统一关系。

从人体的组织结构上看，《黄帝内经》把人体看成是各个层次的阴阳对立统一体。《素问·金匮真言论》说：“夫言人之阴阳，则外为阳，内为阴；言人身之阴阳，则背为阳，腹为阴；言人身之脏腑中阴阳，则脏者为阴，腑者为阳……故背为阳，阴中之阳，心也；背为阳，阳中之阴，肺也；腹为阴，阴中之阴，肾也；腹为阴，阴中之至阴，脾也。”《黄帝内经》还把每一脏、每一腑再分出阴阳。从而使每一层次，无论整体与局部、组织结构与生理功能都形成阴阳的对立统一，所以说人是阴阳的对立统一体。
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四、人体是肝心脾肺肾五大系统的协调统一体

《黄帝内经》所说的五脏，实际上是指以肝心脾肺肾为核心的五大系统。

以心为例：心居胸中，为阳中之太阳，通于夏气，主神明，主血脉，心合小肠，生血、荣色，其华在面，藏脉、舍神、开窍于舌、在志为喜。在谈心的生理、病理时，至少要从以上诸方面系统地加以考虑才不至于失之片面。因此可以每一脏都是一大系统，五大系统通过经络气血联系在一起，构成一个统一体。这五大系统又按五行生克制化规律相互协调、资生和抑制，在相对稳态的情况下，各系统按其固有的规律从事各种生命活动。

五、《黄帝内经》的生命观

《黄帝内经》否定超自然、超物质的上帝的存在，认识到生命现象来源于生命体自身的矛盾运动。认为阴阳二气是万物的胎始。《素问·阴阳应象大论》说：“阴阳者，万物之能（读如胎）始也。”对整个生物界，则曰：天地气交，万物华实；又曰：天地合气，命之曰人。阴阳二气是永恒运动的，其基本方式就是升降出入。《素问·六微旨大论》说：“出入废，则神机化灭；升降息，则气立孤危。故非出入，则无以生长壮老已；非升降则无以生长化收藏。是以生降出入，无器不有。”《黄帝内经》把精看成是构成生命体的基本物质，也是生命的原动力。《灵枢·本神》说：“生之来谓之精，两精相搏谓之神”。在《灵枢·经脉》还描绘了胚胎生命的发展过程：“人始生，先成精，精成而脑髓生。骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙，皮肤坚而毛发长”。这种对生命物质属性和胚胎发育的认识是基本正确的。

六、《黄帝内经》的形神统一观

《黄帝内经》对于形体与精神的辩证统一关系做出了的说明，指出精神统一于形体，精神是由形体产生出来的生命运动。如《灵枢·邪气脏腑病形》说：“十二经脉、三百六五络，其气血皆上于面而走空窍，其精阳气上走于目而为睛（视），其别气走于耳而为听，其宗气上出于鼻而为臭，其浊气出于胃走唇舌而为味。”这就将视听嗅味等感觉认为是由于气血津液注于各孔窍而产生的生理功能。对于高级神经中枢支配的思维活动也做出了唯物主义解释。《灵枢·本神》说：“故生之来谓之精，两精相搏谓之神，随神往来者谓之魂，并精出入者谓之魄。所以任物者谓之心，心之所忆谓之意，意之所存谓之志，因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑，因虑而处物谓之智。”

如此描写人的思维活动基本上是正确的。在先秦诸子中对神以及形神关系的认识，没有哪一家比《黄帝内经》的认识更清楚、更接近科学。关于形神必须统一、必须相得的论述颇多，如《灵枢·天年》：“神气舍心，魂魄毕具，乃成为人。”又《素问·上古天真论》：“形与神俱而尽终其天年”。如果形神不统一、不相得，人就得死。如《素问·汤液醪醴》：“形弊血尽……神不使也。”又《素问·逆调论》：“人身与志不相有，曰死。”《黄帝内经》这种形神统一观点对我国古代哲学是有很大贡献的。