1. 开源的PHP程序
   缺点：php开源的程序可能会有些漏洞，比如我给好几个SEOwhy同学分析过站，发现网站被人入侵了，都是程序上的代码写法有问题，如果PHP代码能方便灵活的加密（目前只能通过Zend Guard加密），那核心算法就不容易被人看懂入侵了。
   优点：php代码学习简单，php+mysql+linux+apache，性能很高，对服务器要求很低，都是免费开源组建，适合个人或小团队公司使用。
2. 自己开发的C#, ASP.NET程序
   缺点：ASP.NET的IIS感觉性能比Aapache差很多，网站并发访问量大时，IIS容易崩溃。ASP.NET是建立在Windows操作系统上的，服务器程序，SQL Server数据库等都是收费的。Windows漏洞比较多，容易被黑客攻击。
   优点：ASP.NET代码可以加密混淆，很容易保护自己的代码，ASP.NET代码学习难度不算高。
3. 自己开发的 Java, JSP等程序
   缺点：Java学习曲线比较高些。Java对服务器的要求较高些。Java程序员薪水比较高，用JAVA做项目成本较高。
   优点：Java适合企业级开发，代码很容易加密混淆。

现在开发站群系统的客户端网站系统，有点困惑，不知道是选择 开源的PHP程序，ASP.NET程序 还是 Java程序比较好， 这三门语言我都精通，对我来说都一样。问题是，很多站长用php比较多，我的客户端网站系统，是否用PHP开源系统搭建比较方便，我在开源系统基础上，开发我的站群插件即可。 要解决的问题是，如何解决代码安全问题，如何保护代码？

你可是程序高手哦！

用什么语言开发的程序，终归于这些程序的使用者是谁，用于做什么？所以可能有这几个需要着重考虑的问题：

1、自己精通的，或者较为认可的语言
2、要能够容易实现所需要的功能
3、安全不至于不能忍受或漏洞百出、易维护、成本等问题
4、使用者要易于使用
5、优先考虑现阶段流行的语言

安全，这个只能说是相对的，需要多一些防范和准备。

对于多数情况，应该还是可以优先考虑使用PHP开发或者php语言的开源程序二次开发。
（除非，你心中本身已经很明确有一种语言，可以力排众多问题，而且开发过程中不会出现更多的问题，那就另当别论。）

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同样是做晚饭，你用电饭锅，还是用电压力锅，取决于你的目的以及达到目的所花费的成本。至于安全性的问题是各种平台共有的，技术不能解决所有问题，重点在于防范 和平时的管理，也可以结实些安全方面的达人，找他们咨询或帮忙。

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以上各位大佬都是程序高手，不过我不同意以上各位的观点：

因为提问者提问的是适合做站群的系统：

现阶段的站群系统基本上是基于ASP架构的。为什么呢？我们从站群本身来考虑，站群就是大量低廉的网站。而且要分布于不同的服务器或者空间。同IP下的站群就没有什么意义了。

而我们知道只有ASP可以不用购买数据库，直接使用ACCESS数据库，所以只需要购买空间就OK，如果使用的PHP空间在过内基本上要另外买MySQL数据库的，这样成本就会提高一倍。

至于安全性，我想站群对于这方面的需求还是较少的。

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PHP将是你不二的选择！要说PHP容易被解锁是不可靠的！国内外大型网站现在大部分都是PHP的语言！
就看这个编写程序的人是怎么写的了，密码加密可使用增加和截取！
比如我们的网站予学SEO，账号的密码都是经过我们自己程序员双重加密的！MD5加密只是一部分!说来了就是即使别人拿到了加密字符串，也无法破译！
站群系统负载比较大使用php+MySQL+linux/apache黄金搭档！

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百度了一下，发现PHP加密的代码都可以通过一些工具解密出来，PHP代码安全性无法很好解决，比如你开发了个php的系统，已放到某个虚拟主机，就被别人偷梁换柱，修改了里面的版权信息等，这个系统就变成别人的了，放到网上四处传播，这个问题如何能很好解决呢？